Il Museo di Storia Naturale fu costituito nel 1771 per merito di Lazzaro Spallanzani (1729-1799), titolare della cattedra omonima neoistituita.
Le raccolte didattiche si svilupparono in rapida successione attorno a un primo nucleo, costituito in prevalenza di minerali, dono dell’Imperatrice Maria Teresa d’Austria.
La sede del Museo fu per 150 anni nel prestigioso Palazzo Centrale dell’Università. Raccolte personali, oltre ad acquisti, scambi e donazioni di materiali di grande valore scientifico, contribuirono a mantenere alta la fama del Museo in ambito europeo. Dopo la morte di Spallanzani, avvenuta nel 1799, i successori contribuirono a un notevole sviluppo dell’istituzione e all’incremento delle collezioni.
In attesa della sede definitiva per l’allestimento degli oltre 500.000 reperti, sono attualmente fruibili le collezioni zoologiche di vertebrati, comprensive di alcuni degli esemplari di epoca spallanzaniana che ancora si conservano: un tursiope del 1781, un ippopotamo del 1783, un coccodrillo donato nel 1782, uno squalo acquistato nel 1790, un giovane orangutan arrivato nel 1786 e una mandibola di balena di Groenlandia, giunta da Vienna nel 1793